旗舰种（英语：flagship species）是保护生物学中的一个概念，指能够吸引公众关注的物种。旗舰种的选择并不完全基于生态学意义上的重要性，而是注重它的公众号召力与吸引力。旗舰种能在地区或世界的范围之内吸引公众对其保护行动进行关注，常用于宣传用途，通常是某些特殊生态系统的标志。旗舰种不仅能够使这些物种受到更好的保护，也能连带保护那些影响力较小的物种。

比较知名的旗舰种有大熊猫、孟加拉虎、金狮面狨、非洲象、亚洲象、雪豹等。