最近有些科学家和哲学家提出生物复杂性可透过其他方式产生的论点。

　　当达尔文想出演化论的基本概念时，他还不到30岁，不过他却等到50岁时，才把学说公诸于世。期间的20年，他有系统地搜集证据，构思如何回应每个他能想到的质疑。在他预期的反驳论点中，最主要的就是渐进的演化过程无法产生一些复杂结构。

　　就拿人类的眼睛来说，它是由视网膜、晶状体、肌肉、胶质液等许多组件组成，眼睛需要所有组件合作才能产生视觉。一个部位损伤，例如视网膜剥离，都会导致失明，而所有交互作用的组件也必须要有合适的尺寸和形状，眼睛才能发挥功能。如果达尔文是对的，那么复杂的眼睛应该是从较简单的前身演化而来。达尔文在《物种起源》里写到：“我得坦承，这是极荒谬的说法。”

　　但达尔文仍看出了让生物演化出复杂性的道路。生物的性状代代都会出现变异，有些变异可提高个体的生存率并繁衍较多后代，这些变异经过几代的天择后会在族群里变得较为普遍。新变异出现并扩散时，它们会逐渐改变身体构造，产生复杂的结构。

　　达尔文认为，人类的眼睛可能源自类似今日扁虫具有的一块简单感光组织，天择让这片组织凹成杯状，获得侦测光源方向的能力；接着，又有一些能与感光杯合作的新特征加入，进一步改进视力，让生物更能适应周遭环境，也使得这个眼睛的前身能遗传给未来世代。天择一步步推动种种改变来增加结构的复杂性，每一个中间型都要比之前的中间型能提供更多的优势。

　　达尔文对于复杂构造起源的想法，获得了现代生物学的支持。今日生物学家从分子的层次检查了眼睛和其他器官，他们发现由那些极复杂蛋白质组成的一些构造，很类似闸口、输送带和马达；只要天择一直偏好改变后的中间型，就有可能从较简单的前身演化出复杂的蛋白质系统。

　　但最近有些科学家和哲学家提出生物复杂性可透过其他方式产生的论点。有人认为，生命有越变越复杂的内在倾向；也有人相信，即使没有天择的帮助，当随机突变形成时，就有增加复杂性的副作用。他们说，生物复杂性的起源并不如道金斯著名的“盲眼钟表匠”观点，是数百万年来通过天择微调的结果。在某种程度上，它自然而然就发生了。